L’origine du nom de Bondy serait gallo-romaine, Bonitius étant le patronyme du principal propriétaire des terres dans la partie déboisée de la plaine. L’évolution dans le temps aurait transformée Bonitius en Bonzy puis en Bondy.
Le village et son église sont cités vers l’an 700 pour la première fois. En 1060, par un acte de donation du roi Henri Ier , le territoire passe dans la mouvance du prieuré parisien de Saint-Martin-des-Champs qui en partagea la seigneurie avec divers monastères.
Anciennement la ville était recouverte par la forêt de Bondy encore existante aujourd’hui mais hors du territoire communal bondynois, située sur les communes de Montfermeil, Clichy-sous-Bois et Coubron , en raison de sa forte diminution au cours des siècles. Cette forêt a longtemps été un repaire de brigands.
Fin 2005, lors de fouilles préventives, a été découverte au centre même de Bondy, près de l’église, une nécropole d’un millier de sépultures, toutes époques confondues, allant du Bas-Empire au XIVè siècle. Il s’agit d’une des plus importantes nécropoles mérovingiennes (VIè et VIIè siècle) et carolingiennes jamais mise à jour en France. Dans ces tombes seuls quelques objets ont été trouvés, dont huit scramasaxes (sabres courts), une belle plaque-boucle en os et une autre en métal, ce qui étonna les archéologues, car usuellement, les tombes mérovingiennes contiennent de nombreux bijoux de verre, des armes, des restes de vêtements et diverses offrandes.
Au début du XXe siècle, Bondy a vu grandir l’enfant de l’épicerie Lamy, qui deviendra l’écrivain et ministre de la Culture André Malraux (1901-1976), l’illustre défenseur de la liberté individuelle dans La Condition humaine.